Situé dans l’est de la France – voir carte du département du Jura ci dessous – , le département 39 se trouve en Région Franche-Comté, à la frontière suisse.
Le Jura comprend trois grandes régions naturelles. À l’ouest s’étend la Bresse, « le bon pays ». Dans le pays d’Amoux, au nord du département 39, s’étend l’extrémité orientale de la plaine de la Saône, plaine argileuse et fertile (le Finage) ainsi que la terrasse qui sépare le Doubs de la Loue. Dans cette plaine s’élève l’une des plus belles forêts de France : la forêt de Chaux.
La majeure partie du département du Jura est toutefois le domaine de la montagne qui couvre le centre et le sud . Le vignoble, qui s’étend d’Arbois à Lons-Le-Saunier, marque le rebord jurassien avec la falaise du Revermont et la côte de l’Heute.