Un monument, évoquant les pyramides d’Égypte, marque la naissance du Nil. Ce site, situé dans les montagnes du Burundi, à 2145 m d’altitude, est la source la plus lointaine du fleuve, en Afrique Noire équatoriale. Ce fleuve est partagé en un Nil Blanc (originaire d’Afrique Noire) et un Nil Bleu (originaire d’Abyssinie) très riche en limon. Plusieurs siècles d’exploration ont été nécessaires pour découvrir les sources de ce fleuve.
Les eaux du Nil s’écoulent au-delà des hautes rives, à Assouan en Haute-Égypte. Le second barrage gigantesque d’Assouan (appelé Sadd el-Ali ou haut barrage d’Assouan), achevé en 1970, a modifié le cours du fleuve et permis à l’Égypte d’éviter les incessantes inondations auxquelles elle a dû faire face pendant des siècles.
Dans la partie égyptienne de son cours, le Nil est longé par de nombreux canaux qui constituent autant de voies navigables.
L’île de Philae, près d’Assouan, dans le sud de l’Égypte, fut submergée par les eaux lors de la construction du grand barrage, dans les années 1960. Ses temples furent déplacés dans cette île voisine, qui constitue aujourd’hui l’un des sites touristiques du fleuve les plus visités.
Le Nil quitte le lac Victoria à la hauteur du barrage des chutes Owen. Ce barrage, construit par les Britanniques, fournit à l’Ouganda une partie importante de son électricité. Cette portion du fleuve, appelée Nil Victoria, s’élargit ensuite pour former le lac Kyoga, recueille les eaux de la Kafu, qui coule vers l’est, et continue vers le nord, où elle se jette dans le Lac Albert. La portion suivante, qui va jusqu’à la frontière du Soudan, s’appelle Nil Albert.